船舶档案馆档案特藏室于2020年8月初建成，是国防军工系统第一个档案特藏室。主要存放船舶工业20艘历史名舰底图、58张珍贵照片档案，内容深具底蕴。自建成后，档案特藏室数十次接待各级领导单位参观学习，充分发挥“收馆藏之精华、管档案之珍品、保精品之安全”的作用，受到外界广泛好评。

珍品档案特藏室严格按照DA/T 55—2014《特藏档案库基本要求》，精心设计、科学施工，装饰装修结合低碳节能、绿色环保理念，整体风格呈现出鲜明的档案色彩，具有历史厚重感。珍品档案特藏室改变底图档案传统的保管方式，由常规卷放改为平铺，可有效预防因卷曲变形引起的折痕、断裂等物理损害，向科学化、精细化管理转变。珍品档案存放在专门的特藏装具里，采用国内著名档案技术保护研究专家李玉虎教授的专利产品——“四防”（防火、防霉、防虫、防酸）档案与文献收藏装具，环保、防灾、耐久，极大的提高了档案安全。

习近平总书记指出，“历史文化遗产是不可再生、不可替代的宝贵资源，要始终把保护放在第一位”。船舶档案馆档案特藏室汇集馆藏精华、保护精品安全，不不仅仅展示了民族船舶工业发展历程，传承了中华民族昂扬奋进的百年记忆，也是船舶档案馆坚持国家历史档案资源实体保护的扎实研究、有力探索和大胆实践，是贯彻历史文化遗产保护、创新发展战略、推动档案工作转型升级、提质增效的切实举措。